Présentation du service
Le service informatique assure le déploiement des logiciels et outils de calcul sur l'infrastructure de calcul de l'IGBMC.
Le déploiement des logiciels s'appuie sur 2 technologies principales ; Conda et Singularity, en fonction des spécificités des logiciels et de leur licence.
La plupart des outils de bioinformatique sont disponible au travers de packages Conda grâce au travail de la communauté Bioconda. Si un outil ne devait pas être disponible sous Bioconda et que sa licence le permet, le service informatique se charger de créer un package conda avant d'effectuer son déploiement. Si la création d'un package conda se révèle impossible, le déploiement sera réalisé sous la forme d'une image Singularity.
Afin d'offrir une interface utilisateur unifiée pour l'accès aux outils, chaque logiciel est rendu accessible au travers du système Environment Module.
Chaque logiciel déployé est disponible à l'ensemble des utilisateurs de l'infrastructure de calcul.
Les outils de calcul scientifiques sont déployés par l'intermédiaire du dépôts de déploiement nationale proposé par l'Institut Français de Bioinformatique dont l'IGBMC est un important contributeur : https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools
Pour demander le déploiement d'un outil de calcul scientifique, merci d'effectuer une demande d'assitance en précisant :
- Le nom de l'outil
- La version ou les versions souhaités
- Le site internet de l'outil (page de documentation ou dépôt git)
- Les informations de licence si nécessaire
L'essentiel à savoir
- Déployement d'outils de calcul à la demande sur l'infrastructure de calcul de l'IGBMC via Conda ou Singularity
- Création de package Conda pour un outil non disponible sur Anaconda cloud
Responsabilité de l'utilisateur
Vous devez respecter la charte informatique de l'IGBMC.
Disponible pour
Personnel scientifique de l'IGBMC
Documentation
Conditions d'utilisation
Charte des bons usages numérique
Engagement de niveau de service
Nous recevons vos demandes d'outil de calcul scientifique du lundi au vendredi de 9h à 12h et de 13h à 17h.
Les délais habituels pour traiter une demande sont les suivants :
- Logiciel disponible sous la forme d'un package Conda : 4h
- Logiciel non disponible sous la forme d'un package Conda : minimum 48h (hors délai d'obtention des licences si nécessaire)
Services associés
High performance computing (SLURM)
Responsable du service
Direction des systèmes d'information
> Pôle Infrastructure