Genomes installés

Une collection de génomes est disponible sur le cluster IGBMC. Le fichier FASTA pour le génome est toujours situé dans le sous-dossier appelé fasta_unmasked.

Pour chaque génome, les index suivants sont disponibles :

  • bowtie (sous-dossier unmasked_bowtie1_indexes)
  • bowtie2 (sous-dossier unmasked_bowtie2_indexes)
  • bwa (sous-dossier unmasked_bwa_indexes)
Espèce Nom Emplacement
Arabidopsis Thaliana Tair10 /shared/genomes/Arabidopsis_thaliana/Tair10/
Bos Taurus UMD3.1 /shared/genomes/Bos_taurus/UMD3.1
Escherichia Coli K12 /shared/genomes/Escherichia_coli/K12
Gallus Gallus galGal5 /shared/genomes/Gallus_gallus/galGal5
Homo Sapiens hg19 /shared/genomes/Homo_sapiens/hg19
hg38 /shared/genomes/Homo_sapiens/hg38
Saccharomyces Cerevisiae sacCer3 /shared/genomes/Saccharomyces_cerevisiae/sacCer3
Theileria Annulata ASM322v1 /shared/genomes/Theileria_annulata/ASM322v1