Guide d'utilisation de conda

conda est un système de gestion de package permettant l'installation de multiples versions de logiciels au travers d'un mécanisme d'environnements virtuels.

Ce système permet à chaque utilisateur de la ferme de calcul d'installer et d'utiliser les outils dont il a besoin sans nécessité de faire appel à l'administrateur de la ferme de calcul.

Les outils que vous installez au travers de conda doivent être installés dans un environnement virtuel qui peut être vu comme une collection d'outils.
Vous pouvez créer autant d'environnements virtuels que vous le souhaitez, afin, par exemple de pouvoir utiliser plusieurs versions différentes d'un même outil.

Création

Pour créer un environnement virtuel, utilisez la commande conda create comme ceci :

$ conda create -n myenv

Cette commande va créer l'environnement virtuel appelé myenv.

Activation

Afin d'utiliser votre environnement virtuel, vous devez l'activer. Pour cela utilisez la commande suivante :

$ source activate myenv

Désactivation

Lorsque vous ne souhaitez plus utiliser l'environnement virtuel en cours, il suffit de le désactiver :

$ source deactivate myenv

Suppression

Vous pouvez supprimer un environnement virtuel qui n'est plus nécessaire en utilisant la commande suivante :

$ conda env remove -n myenv

Listing

Retrouvez la liste de vos environnements virtuels en utilisant la commande suivante :

$ conda env list
Par défaut, conda va stocker l'ensemble des vos environnements virtuels ainsi que les outils que vous souhaitez installer dans le dossier .conda situé à la racine de votre espace de travail. Ils seront ainsi accessibles sur l'ensemble des noeuds de calcul de la ferme.

Le service informatique met à votre disposition des environnements virtuels vous permettant de retrouver des collections d'outils prête à être utilisé pour vos besoins courants :

Environnement virtuel Description
ngs Collection d'outil pour l'analyse de séquences NGS
snakemake Environnement virtuel pour utiliser le moteur de workflow Snakemake
mageck Identifier les gènes importants de la technologie CRISPR-Cas9

Clonage

Vous pouvez cloner un environnement virtuel existant pour utiliser comme point de départ pour un nouvel environnement virtuel :

$ conda create -n myenv --clone snakemake

Cette commande va créer un nouvel environnement virtuel myenv identique à l'environnement virtuel snakemake disponible sur la ferme de calcul.

Installer des outils

Une fois que vous avez activé un environnement virtuel personnel, vous pouvez y installer des outils.

$ conda install git

Les outils sont mis à disposition par la communauté conda au travers de nombreux dépôts de package appelés channels.

Les dépôts les plus connus sont :

Pour installer un outil provenant d'un channel particulier, utilisez la commande suivante :

$ conda install -c bioconda snakemake

Cette commande va installer le package snakemake disponible sur le dépôt bioconda.

Vous pouvez créer un environnement virtuel et y installer des packages en une seule commande :
$ conda create -n myenv -c bioconda snakemake python==3.5

Cette commande va créer l'environnement virtuel myenv et y installer les packages snakemake et python 3.5.

Lister les outils installés

La commande suivante vous permet de lister l'ensemble des outils installés dans l'environnement virtuel courant :

$ conda list

Supprimer un outil

Pour supprimer un outil, utilisez la commande suivante :

$ conda remove <tool>